Xưa có hai vợ chồng nông dân đi ở cho một nhà giàu từ hồi còn nhỏ. Vợ chồng ăn ở hiền lành nhưng ngoài năm mươi tuổi vẫn không có con. Một hôm trời nắng gắt, người vợ vào rừng lấy củi cho chủ, khát nước quá mà không tìm đâu ra nước, cuối cùng bà đành phải liều uống nước trong một cái sọ người ở một hốc cây. Nhưng lạ thay, uống vào khỏi cổ, bà thấy khoan khoái vô cùng, thấm thía tận ruột gan. Và từ đó bà có thai. Chín tháng mười ngày bà sinh ra một cục thịt tròn lông lốc như hình cái sọ, có mặt mũi, mồm, tai, nhưng không có tay chân. Chồng đã mất, lại sinh ra một quái thai, bà rất buồn phiền, định đem chôn sống nó đi. Nhưng bỗng cục thịt lên tiếng nói, gọi bà:
- Mẹ ơi! Con là người đấy mẹ ạ. Mẹ đừng vứt con đi mà tội nghiệp! Bà cụ cảm động, ôm cục thịt vào lòng và nâng niu cho bú. Bà cụ đặt tên con là Sọ Dừa.
Nghe tin bà cụ đẻ ra quái thai, lão phú ông bắt bà đem chôn sống đi, nhưng bà không nghe. Lão đuổi bà ra ở túp lều xanh ở góc vườn. Nhưng hằng ngày vẫn phải đi làm cho nhà lão. Mỗi bữa đi làm về bà đem phần cho Sọ Dừa một nắm cơm. Sọ Dừa lớn lên rất nhanh và ngày càng khôn ngoan, hiểu biết. Bà mẹ và những người chung quanh quen dần và ngày càng yêu mến Sọ Dừa.
Hằng ngày, khi bà mẹ đi làm, Sọ Dừa biến thành một chú bé rất xinh đẹp, dọn dẹp nhà cửa đâu vào đấy, rồi lại chui vào cái sọ như cũ. Lúc đầu bà cụ thấy sự lạ, nhưng rình mãi không thấy gì nên cũng đành thôi.
Một hôm bà mẹ buồn bã nói với Sọ Dừa rằng:
- Con người ta lên bảy tám tuổi đã biết đi chăn trâu chăn bò, mày thì tao chẳng trông cậy được gì! Ông chủ có một đàn dê, cần người chăn mà tao vẫn chưa tìm được ai.
Sọ Dừa nói:
- Mẹ ơi, con chăn được, mẹ nhận với ông chủ đi!
Bà mẹ nói với lão phú ông, cuối cùng lão ưng thuận cho Sọ Dừa đi chăn đàn dê cho nhà lão.
Hai mẹ con Sọ Dừa rất vui mừng. Quả nhiên Sọ Dừa chăn được và chăn rất giỏi. Lão nhà giàu thấy đàn dê mỗi ngày thêm béo tốt mà Sọ Dừa lại ăn rất ít, mỗi ngày chỉ hai nắm cơm rất nhỏ thôi.
Sọ Dừa chăn dê suốt ngày ở dãy núi xa làng. Việc đem cơm, lão phú ông giao cho ba người con gái luân phiên nhau. Hai người chị thường đứng rất xa gọi Sọ Dừa rồi để cơm đó, mặc Sọ Dừa tự lăn đến mà ăn. Còn cô gái út đem đến tận nơi cho Sọ Dừa. Và vì thế cô biết được một điều kỳ lạ: Sọ Dừa không phải là người trần, chàng là người trời - một chàng trai khôi ngô, tuấn tú, tuổi chừng mười sáu, mười bảy. Cô thấy chàng nằm trên một cái võng đào mắc giữa hai cành cây, miệng thổi sáo, tiếng sáo khi bổng khi trầm, lúc khoan, lúc nhặt, làm cho cô bồn chồn, xao xuyến.
Từ đó, cô út đem lòng yêu trộm, nhớ thầm Sọ Dừa. Có gì ngon cô cũng để dành đem cho Sọ Dừa.
Một hôm, Sọ Dừa đòi mẹ đi hỏi một trong ba người con gái phú ông cho mình. Bà mẹ đang buồn phiền cũng ngạc nhiên, phì cười mà nói:
- Mày thì có ma nó lấy! Mình mẩy chân tay chẳng có mà lại đòi lấy vợ.
Nhưng Sọ Dừa thiết tha, nằn nì, thúc giục, cuối cùng bà phải đánh bạo kiếm một buồng cau đến nói với phú ông. Lão phú ông bĩu môi cười khẩy, rồi lên giọng nói với bà cụ:
- Mụ về bảo hắn sắm đủ lễ vật thì ta sẽ gả cho một đứa: một chĩnh vàng cốm, mười tấm lụa đào, mười con lợn béo, mười vò rượu tăm. Lại phải dựng một căn nhà ngói năm gian, câu đầu bằng bạc, xà ngang bằng đồng.
Lão nhà giàu thì đắc ý cho là mình thách như thế thì không đời nào nhà Sọ Dừa lo được. Bà mẹ thì lo, nhưng Sọ Dừa thì điềm nhiên bảo rằng:
- Mẹ sang nói ngay với ông chủ là con có đầy đủ các thứ ấy.
Không còn cách chối từ, lão phú ông phải gọi ba cô con gái lên hỏi xem có ai ưng thuận làm vợ Sọ Dừa không? Người chị cả nghe xong chối đây đẩy. Người con thứ hai thì trả lời lấp lửng là "cha mẹ đặt đâu con ngồi đấy", khiến lão phú ông cũng hơi lo. Còn cô con út thì trả lời dứt khoát rằng:
- Con bằng lòng lấy anh Sọ Dừa ạ!
Lão phú ông đành phải chấp nhận. Nhưng cả lão phú ông và bà mẹ Sọ Dừa đều phấp phỏng, không dám chắc là Sọ Dừa có đủ các đồ lễ vật như đã hứa.
Sáng hôm sau đến hạn nạp lễ vật mà tối hôm trước đó, bà mẹ vẫn chưa thấy gì ngoài túp lều tranh ở góc vườn. Sọ Dừa bảo bà cứ yên tâm, rồi đâu sẽ vào đấy. Quả nhiên, sáng sớm hôm sau, khi bà mẹ tỉnh dậy thì thấy mình đang nằm trên một chiếc giường có đủ chăn hoa, nệm gấm; chiếc lều tranh đã biến đi đâu mất và thay vào đó là một tòa nhà ngói năm gian, cửa bức bàn, cột, xà đều trạm trổ, câu đầu bằng bạc, xà ngang bằng đồng đúng như lời thách của phú ông.
Bà mẹ rất ngạc nhiên về nhà cửa, đồ đạc và lễ vật sang trọng đủ mọi thứ. Bà nghĩ là mình nằm mơ, nhưng có điều làm cho bà tin là vẫn thấy Sọ Dừa lăn đi lăn lại trong nhà để sai bảo những người giúp việc.
Anh vừa gọi một tiếng, tức thì mấy chục người hầu hạ, cả nam lẫn nữ quần áo lộng lẫy đủ mầu sắc, từ nhà dưới chạy lên răm rắp làm theo lời sai bảo của Sọ Dừa.
Đúng giờ hẹn, cả đoàn nhà trai đem đủ lễ vật sang nhà gái đón dâu. Phú ông chẳng biết tính sao, đành phải nhận lễ vật và gả cô gái út cho Sọ Dừa. Dân làng ai cũng ngạc nhiên, hai người chị gái thì trề môi, tặc lưỡi hết lời chê bai, mắng nhiếc cô út. Còn cô út thì rất vui, lúc nào cũng tươi cười với mọi người.
Chiều hôm ấy, Sọ Dừa đón dâu về nhà. Cỗ bàn linh đình, làng xóm ngồi đầy nhà chuyện trò như pháo ran. Đến tối khi các cây nến đã thắp sáng trưng nhà trên nhà dưới thì không ai nhìn thấy Sọ Dừa đâu cả. Bỗng, từ phòng bên bước sang một chàng trai tuấn tú khôi ngô cùng với cô dâu. Chàng trai nói:
- Thưa các cụ cùng bà con hai họ, tôi là Sọ Dừa. Vợ chồng chúng tôi xin ra chào hai họ và cảm tạ bà con đã đến chia vui và giúp đỡ cho gia đình chúng tôi.
Bà mẹ ôm chầm lấy con dâu, mừng vui không nói nên lời. Tin này bay đi, ai biết cũng ngạc nhiên và vui mừng, riêng hai người con gái lớn của phú ông thì chỉ có ghen tuông và tức tối.
Sau khi cưới vợ, Sọ Dừa ra sức học hành và thi đỗ trạng nguyên được nhà vua trọng dụng.
Khi bà mẹ qua đời, quan Trạng Sọ Dừa từ kinh đô về chịu tang được ít lâu thì nhà vua có chiếu cử chàng đi sứ. Trước khi đi, chàng đưa cho vợ một con dao, một hòn đá lửa và hai quả trứng gà, dặn vợ phải giắt luôn bên mình, khi gặp khó khăn sẽ phải dùng đến.
Hai người chị gái luôn ghen tị với em lấy được chồng tốt đẹp, giỏi giang, quyền cao chức trọng. Một hôm hai chị rủ em đi chơi thuyền trên sông gần biển, rồi lập mưu, đẩy thuyền em ra xa, dấu hết bơi chèo, khiến cho thuyền cô em bị đắm. Khi thuyền đã mất tăm, hai chị mới giả vờ hô hoán, kêu cứu.
Sau khi thuyền chìm, một con cá kình vô cùng to lớn đã nuốt chửng cả thuyền lẫn cô em út vào bụng nó. Nhớ lời chồng dặn lúc chia tay, cô rút dao rạch bụng cá, cá vẫy vùng một hồi rồi chết. Sau đó xác cá trôi vào bờ một hòn đảo, cô khoét bụng cá chui ra. Rồi cô xẻo thịt cá ra thành nhiều miếng, phần thì phơi khô, phần thì muối mắm để ăn dần. Cô lại dùng dao đánh vào hòn đá chồng đưa để lấy lửa nấu ăn và sởi ấm. Hai quả trứng gà để trong bọc, đủ ngày đã nở thành hai con gà, một trống, một mái.
Tháng ngày trôi qua, đàn gà sinh sôi nảy nở đông dần. Cô út tiếp tục sống một mình trên hoang đảo và chờ khi có thuyền thì nhờ giúp đỡ.
Bỗng một buổi chiều, cô nghe tiếng gà gáy: "ó ò o!... phải thuyền quan Trạng rước cô tôi về!". Cô chạy ra thì thấy một chiếc thuyền lớn, cắm cờ đuôi nheo tiến về phía đảo. Cô mừng lắm! Khi thuyền đến gần thì thấy Sọ Dừa bước lên mui và vợ chồng nhận ra nhau, mừng mừng tủi tủi không nói nên lời.
Biết rõ sự tình, Sọ Dừa rất thương vợ và căm giận hai người chị gái, nhưng chàng vẫn không nói cho ai biết. Về đến nhà, Sọ Dừa bảo vợ lánh vào phòng trong rồi bày tiệc mời cả nhà bố vợ và dân làng đến dự. Hai người chị thi nhau ăn mặc lộng lẫy để lôi cuốn sự chú ý của Sọ Dừa. Cả hai đều tranh nhau kể lể việc người em chết đuối.
Rượu uống được nửa tuần, Sọ Dừa đứng lên xin phép vào nhà đưa một ngời bạn ra chào hai chị và dân làng. Khi cô út theo chồng bước ra, mọi người kinh ngạc bàn tán xôn xao. Hai người chị rụng rời tay chân rồi nhân lúc mọi người hướng về cô út, cả hai lén ra ngoài và trốn đi biệt tích.